辦公室：負責黨工團管理、文秘管理、行政后勤事務管理、制度體系流程管理、檔案管理、企業文化管理、法務管理、人力資源管理、紀檢監察審計、計劃管理、績效管理、安全施工和質量的檢查監督、明源系統運行等方面工作；

財務部：負責全面預算管理、成本核算管理、資金管理、工程款審核與支付、協助融資等方面的工作；

合約部：負責招投標管理、合同管理、采購管理、工程預結算管理、工程款支付審核、參與工程的簽證、變更等方面工作；

市政一部：負責中心城區，除北部灣現代產業園之外的市政工程代建工作；負責征地拆遷對接、管線土建前期、管線土建施工管理、工程質量安全管理、工程竣工驗收、資料和項目移交、工程款支付審核、結算報送工作、參與合同管理、對接項目招標等方面工作；

市政二部：負責北部灣現代產業園、吳圩空港經濟區城市主干道和公共配套設施的代建工作；負責征地拆遷對接、管線土建前期、管線土建施工管理、工程質量安全管理、工程竣工驗收、資料和項目移交、工程款支付審核、結算報送工作、參與合同管理、對接項目招標等方面工作；

房建工程部：負責中心城區、吳圩片區房建類項目的代建工作；負責征地拆遷對接、管線土建前期、管線土建施工管理、工程質量安全管理、工程竣工驗收、資料和項目移交、工程款支付審核、結算報送工作、參與合同管理、工程簽證、工程變更等方面工作。